このメッセージはMac OS Xに搭載されているファイアウォールの機能をONにしている場合に表示されます。

ファイアウォール（防火壁）とは、ある特定のコンピュータネットワークとその外部との通信を制御し、内部のコンピュータネットワークのセキュリティを維持することを目的とした物ですが、Mac OS Xのファイヤーウォール機能はアプリケーションがブロックしているポートにアクセスしようとしているのを発見すると、その通信先に関わらずこのようなメッセージを表示します。

ColorMunkiアプリケーションが利用する通信はユーザーのコンピュータ上で内部的に使用されているだけであり、セキュリティ上の問題はありませんので"許可する"を選択してください。